Kuopion luonnontieteellisellä museolla on maamme merkittävimpiin lukeutuvat luonnontieteelliset kokoelmat, jotka vuoden 2018 alussa käsittivät yhteensä n. 950 000 luonnontieteellistä näytettä. Museon toiminta-alue on Luoteis-Eurooppa. Käytännössä kokoelmien kartuttamisen painopiste on itäisessä Suomessa. Museon kansainvälinen herbaariotunnus on KUO. Luonnontieteellisten kokoelmien lisäksi museossa on kirjasto, valokuvakokoelma sekä museon yli 120-vuotiseen historiaan liittyvä arkisto.