Kuopion luonnontieteellinen museo on perustamisestaan lähtien harjoittanut eläin- ja kasvitieteellistä tutkimustoimintaa. Useimmat meneillään olevista tutkimushankkeista ovat monivuotisia lajiston kartoitus- ja seurantahankkeita tai yhteistyöprojekteja yliopistojen ja muiden tutkimuslaitosten kanssa. Hankkeiden yhteydessä kartutetaan museon tieteellisiä kokoelmia.