Kuopion luonnontieteellinen museo on perustamisestaan lähtien harjoittanut eläin- ja kasvitieteellistä tutkimustoimintaa. Useimmat meneillään olevista tutkimushankkeista ovat monivuotisia yhteistyöprojekteja yliopistojen ja muiden tutkimuslaitosten kanssa. Hankkeiden yhteydessä kartutetaan museon tieteellisiä kokoelmia.
Eläimet
- Pesimälinnuston muutokset
- Kuopion Keskimmäinen – lintujärven kehitys
- Laulujoutsen
- Vesilintupopulaatiot ja -yhteisöt ympäristön tilan seurannassa
- Kallaveden ja Keiteleen muikun hedelmällisyystutkimus
- Ennallistamistoimien vaikutus Kuopion Vuorilammen metsien monimuotoisuuteen
- Päivänkorentojen taksonomia ja levinneisyys Suomessa
- Uhanalaiset päivänkorennot Itä- ja Pohjois-Suomessa.
- Luonnon ja maiseman monimuotoisuus – ekologinen ja ympäristöesteettinen näkökulma
- Pohjois-Savon liito-oravat
- Ripsiäisten ekologia, levinneisyys ja uhanalaisuus Suomessa
- Puijon luonnonsuojelualueen kovakuoriaisseuranta
- Uhanalaisten ja rauhoitettujen perhoslajien esiintymiskartoitus Kuopion kaupungin alueella
- Ennallistamistoimien vaikutus Yaran Siilinjärven kaivoksen läjitysalueen hyönteislajistoon
- Sormulanvaarun hyönteislajiston selvitys
Kasvit ja sienet
- Kuopion uhanalaiset kasvit
- Ennallistamisen vaikutus kasvistoon ja kasvillisuuteen Kuopion Pölkkypuronsuolla
- Tikankontti- ja tummaneidonvaippaesiintymien seurantaa Pohjois-Savossa
- Munjärven alueen kasviston nykytilan kartoitus Äänisen Karjalassa 1800-luvun lopun ja sotavuosien 1941-44 tietojen pohjalta
- Kuopion puistopuiden lahottajasienet
- Puijon käävät
- Ennallistamistoimien vaikutus Kuopion Vuorilammen metsien monimuotoisuuteen
- Kääväkkäiden taksonomia, levinneisyys ja ekologia
- Metsänhoidon vaikutukset lahottajasieniin
- Tuli metsien rakenteen hoidossa ja monimuotoisuuden suojelussa
- Lahottajasieniyhteisöjen rakenne ja dynamiikka Koilliskairan myrskytuhoalueilla